O desmatamento causado pela expansão do agronegócio coloca em risco o chamado berço das águas do Brasil. O cerrado, que abriga nascentes de oito das 12 regiões hidrográficas do país, como as do Amazonas/Tocantins, São Francisco e Prata, e os aquíferos do Guarani, Bambuí e Urucuia, já perdeu cerca de 50% de sua área original.
Estudos apontam que os rios tiveram sua vazão diminuída após a conversão de áreas nativas em lavouras e pastagens. As taxas de desmatamento do bioma têm superado as da Amazônia nos últimos dez anos e que esse ritmo de destruição torna a região um dos ecossistemas mais ameaçados do planeta.